سامانه همایش‌ها TSTA | ثبت‌نام و ارسال مقاله کنفرانس‌ها و کنگره‌های ملی

Home / سی و دومین کنفرانس ملی و دهمین کنفرانس بین المللی مهندسی زیست پزشکی ایران

Enhancing Drug–Target Affinity Prediction with Non-Local Block Graph Neural Networks

Authors :

Reza Tahmasebi¹ Eghbal Mansoori² Armin Piashehvar³ Abbas Mehrbaniyan⁴

1- دانشگاه شیراز 2- دانشگاه شیراز 3- دانشگاه شیراز 4- دانشگاه شیراز

Keywords :

Drug target affinity،Graph neural network،Non-local attention،Protein ligand interaction،Virtual screening،Deep learning،Contact maps،Kinase

Abstract :

Predicting how strongly a drug binds to its protein target is key to speeding up drug discovery. Many graph neural networks excel with local chemical features but often overlook important long-range contacts, particularly when they become deep and challenging to train. In this paper, we present a compact graph neural network model, called NLB-DTA, that adds a single non-local attention block between two light convolutional layers in distinct ligand and protein streams. This block considers the contribution of each atom to other atoms in the molecular downstream and residues in the protein downstream in a single step, capturing distant interactions between atoms and residues. Tested on the widely used Davis dataset, the model achieves state-of-the-art accuracy with high generalization. Since NLB-DTA needs only standard ligand strings and protein sequences, it can run on common GPUs. Our study shows that using a non-local layer is effective in considering the long-range information gap, and so it offers a practical foundation for future virtual screening.

Papers List

List of archived papers

سامانه ی یکپارچه و کم‌هزینه برای ثبت پتانسیل‌های میدانی محلی (LFP) همگام با ویدئو و تحریک الکتریکیِ مغز به‌کمک برچسب‌گذاری نوریِ کُدگذاری‌شده ی رخداد

حنیف صولت نیا - بیژن وثوقی وحدت

تحول دیجیتال، مسیر خوب یا بد: یک دستور کار تحقیقاتی چند سطحی

مهدی زینالی - رعنا شهدآور

بررسی استقرار مدیریت دانش در شرکت آب و فاضلاب استان خراسان جنوبی

محدثه مشفقی - محسن صفاریان - محمد کاظمی - مهدی کیخای مقدم - نسیبه موحدفر

Parametric study on the separation of extracellular vesicles in a sheathless spiral microfluidic device

Mohammad Mahdi Abdi - Seyedeh Sarah Salehi

تاثیر بعد استراتژی مالی وبعد پاسخگویی برکیفیت خدمات درک شده و خشنودی مشتریان )مورد مطالعه : فروشگاه افق کوروش(

حسین بوذری

Examination and Analysis of the Influence of Near-Infrared Light Absorption by Hair Melanin on fNIRS Signal

Elmira Baghaeifar - Sina Shamekhi

کاربردهای هوش مصنوعی و یادگیری عمیق در تشخیص و پیش‌بینی بیماری‌ها

علی فرزین

ارزیابی ساختار بازار حسابرسی در ایجاد ارزش افزوده اقتصادی در صنعت فولاد

کریم ستاری - محمدرضا عباسی استمال

کاربرد هوش مصنوعی در مدیریت ارتباط با مشتری

سعیده شریفی علون آبادی - ناصر خانی

Recovery of Hand Motor Function in Children with ‎Hemiparetic Cerebral Palsy using an Interactive ‎Computer Game Combined with Mechanoreceptor ‎Stimulation: A Pilot Study

Mobina Ramezani - Shahed Salehzehi - Parisa Hosseini - Zahra Alizadeh Sarborj - Ghazal Mohammadzadeh - Hamid Reza Kobravi - Narges Hashemi - Mehran Beiraghi Toosi - Javad Akhondian