0% Complete
English
صفحه اصلی
/
سی و دومین کنفرانس ملی و دهمین کنفرانس بین المللی مهندسی زیست پزشکی ایران
Enhancing Drug–Target Affinity Prediction with Non-Local Block Graph Neural Networks
نویسندگان :
Reza Tahmasebi
1
Eghbal Mansoori
2
Armin Piashehvar
3
Abbas Mehrbaniyan
4
1- دانشگاه شیراز
2- دانشگاه شیراز
3- دانشگاه شیراز
4- دانشگاه شیراز
کلمات کلیدی :
Drug target affinity،Graph neural network،Non-local attention،Protein ligand interaction،Virtual screening،Deep learning،Contact maps،Kinase
چکیده :
Predicting how strongly a drug binds to its protein target is key to speeding up drug discovery. Many graph neural networks excel with local chemical features but often overlook important long-range contacts, particularly when they become deep and challenging to train. In this paper, we present a compact graph neural network model, called NLB-DTA, that adds a single non-local attention block between two light convolutional layers in distinct ligand and protein streams. This block considers the contribution of each atom to other atoms in the molecular downstream and residues in the protein downstream in a single step, capturing distant interactions between atoms and residues. Tested on the widely used Davis dataset, the model achieves state-of-the-art accuracy with high generalization. Since NLB-DTA needs only standard ligand strings and protein sequences, it can run on common GPUs. Our study shows that using a non-local layer is effective in considering the long-range information gap, and so it offers a practical foundation for future virtual screening.
لیست مقالات
لیست مقالات بایگانی شده
Engineering Injectable Gelatin-Tyramine/Alginate-Tyramine Hydrogels for Bone Tissue Engineering: A Ratio-Dependent Study of Structure, Mechanics, and Biocompatibility
Melika Mansouri Moghaddam - Soroush Ghofrani Beiragh - Elaheh Jooybar - Rana Imani
مروری بر روشهای هوشمند تشخیص نفوذ در اینترنت اشیاء با تأکید بر یادگیری ماشین و الگوریتمهای بهینهسازی
رضا کهن - حمید براتی - علی براتی
Exponential sliding mode controller to track the human upper limb during Topspin Forehand in Table Tennis
Erfan Sedaghat - Seyyed Arash Haghpanah
Electrospun Chitosan-Gelatin/ZIF‑8 Nanofibers Scaffolds for Enhanced Wound Healing
Maryam Nosrati hashi - Maryam Tajabadi - Fateme Mirzajani - Alireza Khavandi
رابطه میان ماکیاولیسم و بی طرفی حسابرس
میر امید یوسفی شارمی - بهمن بنی مهد - مهدی مرادزاده فرد - بهرام همتی
تشخیص حملات اینترنتی با مدل های زبانی بزرگ تقطیری در شبکه های توزیع شده
جواد جهانگیری درزه کنانی - امین بابازاده
Diagnosis of Multiple Sclerosis Using Recurrence Plot of EEG
Neda Baghestani - Amin Janghorbani
بررسی تاثیر حسابداری منابع انسانی بر عملکرد رقابتی استراتژیک شرکتهای کوچک و متوسط استان گیلان
ائلناز سیادتی
بازنگری الگوریتمهای کشف گرههای فعال در شبکههای اجتماعی
مجید عبدالرزاق نژاد - مهدی خرد - محمدامیر جمالی
Skin Thermomechanical Modeling: Assessing the Influence of Water and Ambient Air
Pezhman Namashiri - Akbar Allahverdizadeh - Fatemeh Khodadoost - Farid Vakili-Tahami
بیشتر
ثمین همایش، سامانه مدیریت کنفرانس ها و جشنواره ها - نگارش 42.5.2